大豆异黄酮主要分布于大豆种子的子叶和胚轴中，种皮含量极少。80％-90％存在于子叶中，浓度为0.1％-0.3％。胚轴中所含异黄酮种类较多且浓度较高，为1％-2％。目前发现的大豆中异黄酮共有12种，分为游离型的甙元和结合型的糖甙两类。甙元占总量的2％-3％，包括染料木素、大豆甙元等。糖甙约占总量的97-98％，主要以丙二酰染料木素、丙二酰大豆甙、染料木甙和大豆甙形式存在。大豆异黄酮中主要存在四种成分：分别为大豆甙元、大豆甙、染料木素（又称金雀异黄素）、染料木甙。