珍珠结构很规律。若是圆形的，实际上是由一个比一个大的，许许多多极薄的同心圆珠层相叠而成；若是其他形状的，也是围绕其珠心逐层相叠而成。将珍珠剖成相等的两半，在高倍放大镜下，可清晰看到共同的层叠结构。珍珠愈大，其层次愈多。每一层次都是由隔膜网络、方解石菱柱构成的不规则小板片、文石菱柱形晶体和珍珠质组成。

　　珍珠质含量的高低及珍珠层次的多少，决定了珍珠的质量。珍珠质的含量高，珍珠层次多，珍珠的质量就高。不含珍珠质的珠体不是珍珠。如生在鲍鱼（即介贝Shelltish）体内的珠，就缺少上述精致结构的珍珠层和珍珠质。又如生在大贝壳（Strombus gigas）中的珠，其质地象擦亮的珊瑚、瓷器，尽管其色彩是鲜艳的粉红色，但不是珍珠。

　　珍珠的表层结构，由目视观察，十分均匀平滑。若置于高倍放大镜下观察，则可见到沉积于表层的半透明的文石晶体及方解石晶体组成的板片是相互叠置、不规则排列的。正因为层面的不规则，才导致珍珠具有绕射性。光线照到珠面就被绕射成虹彩，使珠光灿烂（也称炫光）。板片间隙愈密集，珍珠的光泽愈柔美。

　　当代的珍珠研究家，对珍珠进行酸处理，使其完全脱矿质化，在高倍显微镜下观察，就能十分清晰地看到上述的珠层结构，其角质细胞组成的隔膜网络形状是不规则的。