组成灵芝菌丝体的菌丝依其形态和来源可以分为三种： 

　　1.初级菌丝： 或称作初生菌丝、一次菌丝。它是由担孢子萌发时产生的一个或多个芽管直接形成的；其主要特征是在每一个细胞内在萌发初期是多核的，后来只含有一个细胞核，菌丝较细，直径仅为1~1.5μm，在整团菌丝中没有锁状联合。初级菌丝的生长是以孢子内贮存的营养提供能量的，故其寿命很短。 

　　2.次级菌丝：或称作次生菌丝，二次菌丝。它是由二条遗传性状不同的异质的初级菌丝相互融合。其中一条菌丝中的一个细胞核移到另一个菌丝的一个细胞中，结果形成一个有两个细胞核的双核菌丝。次级菌丝对基质的侵染能力较强，并能在基质中形成菌丝体。由次级菌丝形成的菌丝体中可以看到锁状联合。只要基质中营养够其利用，次级菌丝形成的菌丝体的寿命可达到几年、几十年或几百年。 

　　3.三级菌丝：或称做三生菌丝、三次菌丝。次级菌丝形成的菌丝体生长到一定阶段达到生理上成熟后，就会有些菌丝在基质的表面上纽结形成原基，由原基再发育成子实体。这些构成子实体的菌丝就是三级菌丝。三级菌丝也是双核菌丝，在形态上与次级菌丝有些相似，但生理功能上已有明显的区别了。 

　　根据菌线的形态及生理功能的不同，可以把灵芝的三级菌丝分为生殖菌丝、骨架菌丝和联络菌丝三种。 

　　1.生殖菌丝：是一种由细胞壁较薄的次级菌丝发育来的，有横隔，双核、细胞质稠密、有锁状联合、多分枝。由生殖菌丝分化出担子和骨架菌丝及联络菌丝；它是组成灵芝繁殖结构的最基本的结构。 

　　2.骨架菌丝：是一种细胞壁较厚、无横隔、无分枝亦无锁状联合，很少有弯曲的双核菌丝，细胞内缺少细胞质和细胞器而被一个大液泡所充填；仅菌丝顶端部分细胞壁较薄，细胞持浓稠、细胞器完备，并具有继续生长的活力。它是构成灵芝子实体的骨架，起着支持作用。 

　　3.联络菌丝：其细胞壁有薄有厚、有横隔、有分枝、也可见到锁状联合，是双核菌丝。它连接着生殖菌丝和骨架菌丝，具有输送营养的作用。 

　　上文提到的锁状联合是担子菌类在菌丝进行分裂增殖时出现的一种特殊的构造，是双核菌丝分裂时细胞核进行重新分配的一种特有的方式，其发生过程可以简述如下： 

　　1.在菌丝要分裂时，在二个细胞核之间的细胞壁产生一个小突起，继而由一个小突起长成一个小分枝； 

　　2.小分枝弯曲，是向原来产生的同一方向弯曲成一个钩状。通常称这个钩状的突起物为锁状联合； 

　　3.位于锁状联合基部的一个细胞与另一个细胞核同时进行分裂。在锁状联合基部的细胞核分裂成二个子细胞核之后，就有一个子细胞核沿钩状的锁状联合移向其顶端； 

　　4.锁状联合顶端与菌丝细胞壁相遇、并溶解一个小洞，在此处的子细胞核经这个小洞移到菌丝中，随之这个小洞又封闭起来； 

　　5.在重新组合的二对子核之间形成横隔，二个子细胞也就随之生产了。锁状联合也随之退化，仅在新形成的横隔处保留下一个瘤状物。 

　　锁状联合的主要功能是双核菌丝在进行分裂时保证四个子细胞核重新组成二对细胞核。也有人认为锁状联合就是运送营养物质的一个捷径。